تنقسم المحكمة إلى ثلاث درجات قضائية منظمة على النحو التالي:
1.    محكمة الدرجة الأولى (القضاء الابتدائي)
o      تختص بالفصل في القضايا في أول نظرها.
o      تُدار من قبل قاضٍ منفرد أو هيئة ثلاثية حسب نوع الدعوى.
2.    محكمة الاستئناف الشرعية
o      تنظر في الطعون المقدّمة ضد أحكام الدرجة الأولى.
o      تصدر أحكامها بعد المداولة الجماعية من هيئة لا تقل عن ثلاثة قضاة.
3.    المحكمة العليا الشرعية
o      تنظر في الطعون بالنقض والتظلمات في مسائل الشرع والاجتهاد.
o      تختص بتفسير القواعد الدستورية، وفض التعارض في الأحكام.
o      تشرف على وحدة الاجتهاد وتصدر المبادئ القضائية العليا.